El Programa de Mejoras Permanentes de la Universidad de Puerto Rico es el plan de inversiones en mejoras de capital del sistema universitario. El mismo es aprobado por la Junta de Síndicos para un número específico de años. Su financiamiento consiste principalmente de emisiones de bonos, fondos externos de diversas fuentes (federales, legislativos y privados) y en menor cuantía de fondos institucionales. El programa de Mejoras Permanentes vigente de la Universidad de Puerto Rico ha invertido en la infraestructura básica de todas las unidades del sistema, ha ampliado significativamente el pietaje disponible para la investigación y enseñanza en las ciencias naturales, ha remodelado edificios académicos resolviendo problemas de salud y seguridad ocupacional y ha apoyado el proyecto de acreditación de las bibliotecas con inversiones millonarias. 1) $21,238,291 invertidos en infraestructura básica como subestaciones eléctricas, sistemas centrales de aire, mejoras al sistema eléctrico, solución problemas pluviales, entre otros; 2) $189,124,535 en más de 900,000 pies cuadrados de espacio para la investigación y enseñanza en las ciencias naturales; 3) $126,000,000 en puesta en valor de edificios históricos y remodelaciones de estructuras de uso académico en un total de 569,975 pies cuadrados; y, 4) $23,465,906 en nueva construcción y remodelación de varias bibliotecas del sistema universitario, 153, 000 pies cuadrados, como parte del proyecto de acreditación.
En mayo de 2009 la Junta de Síndicos de la Universidad de Puerto Rico aprobó la Certificación Número 66, 2008-2009 la cual consiste de una revisión al Programa de Mejoras Permanentes para ajustarlo a la realidad de la situación fiscal y económica del país, y por ende, de la Universidad. La revisión está fundamentada en las siguientes prioridades y en orden de importancia: Primero, Proyectos en construcción; Proyectos en alguna fase del proceso de subasta o en preparativos para subasta; Proyectos vinculados a fondos externos o requisitos de acreditación y que puedan ser desarrollados en conformidad con la realidad financiera del Programa. Segundo, posponer el diseño de todo proyecto en fases de planificación, planos esquemáticos, planos preliminares o inicio de planos de construcción, a excepción de los vinculados a fondos externos o que sean parte de los esfuerzos de acreditación; Tercero, incorporar los proyectos financiados con el fondo de mantenimiento diferido producto de la Resolución Conjunta Núm. 1298 de 29 de agosto de 2002. Actualmente el Programa de Mejoras Permanentes aprobado (según revisión) es de $492,673,186. La inversión a realizarse , según las prioridades descritas, es de $139,324,641 culminando en 2011. De éstos, $107,359,097 provienen de la emisión de bonos y los restantes $31,965,544 son fondos externos.
